札幌市営地下鉄唯一の2面3線駅。2面の両ホームが中線を挟む形となっている（地下鉄駅としては都営地下鉄新宿線の岩本町駅・大島駅などに同様の例がある）。2面3線ホームがこの駅の象徴とされており、かつては駅スタンプのデザインも「3線ホーム」となっていた（現在は防災センターに変更されている）。ホーム番号の振り方が変則的であり、北側の本線が1番で新さっぽろ方面行、南側の本線が2番で宮の沢方面行となっている。中線は両方のホームに面しており、新さっぽろ方面のホームが3番、宮の沢方面のホームが4番ホームとなっている。ただし3番ホームは、ホームドアの設置に関連して現在使用が停止されている（後述）通常は両端の2線（1・2番ホーム）が使用されるが、宮の沢行の始発列車は中線の4番ホームから発車する。夜間（午前0時過ぎ）になると翌朝の始発（当駅発宮の沢行）に使用される電車が中線に留置される。このため4番ホームには、札幌市営地下鉄の途中駅では唯一手歯止めが設置されている。かつては「新さっぽろ発　南郷7丁目行き」の電車が夜に一本設定されていて、この電車がそのまま留置されていた。
人身事故などで折返し運転となる場合に当駅始発に設定された場合、可動式ホーム柵（ホームドア）設置前は中線が使用されていた。例えば、宮の沢～南郷7丁目間の折返し運転の時は、1番ホームに当駅終点の電車が到着し、回送電車扱いとなって一度新さっぽろ側に向かい、折り返しで中線ホームに宮の沢行きの電車が入り、4番ホームからの乗車となる。しかし現在はホームドア設置によってこの折り返し方法は宮の沢行きホーム側でしか対応できない（新さっぽろ方面が壁になったため）ものと思われる。ホームの宮の沢側の階段がバスターミナルに近いが、階段の幅が狭くなっている。エレベーターはホームの新さっぽろ寄りにあり、地上へのエレベーターは3番出口に設置されている。
また、ホーム西の階段にエスカレーターの設置スペースが確保されているが、現在エスカレーターを設置する予定はない。

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