島式ホームの1面2線。南側にクロス式転轍機が、北側に片渡り式転轍機と縦に2編成留置できる留置線が2本ある。開業以来、南側の転轍機は事故などで運行が乱れたときを除き、2番ホームで停泊した列車（初電）と深夜の到着便の一部（2本あるうち東側の留置線および1番ホームで停泊する便）にしか使われず、それ以外の時間帯に到着する電車は2番ホームから北側の留置線へ一旦回送された後1番ホームに入線し、真駒内方面行として出発する方式をとっていたが、2012年6月4日より南側の転轍機を利用しホームで折り返しをする方式に変更された。南北線初の可動式ホーム柵（ホームドア）設置駅である。ホーム両端に階段・エスカレーターがあり、ホームとコンコースを結ぶエレベーター（通過型）は専用の改札とともにホーム中央に設置された。コンコースのこの付近に地上へのエレベーター（直角型）も設置された。駅出入口は8ヶ所あり、南側の出口がバスターミナルに接続している。北側の1番出口は構造物の関係で、一度階段を下りてからまた上る特殊な構造になっている。

札幌市交通局の調べでは、2018年度の1日平均乗車人員は20,678人である。札幌市営地下鉄では札幌中心部のさっぽろ駅、大通駅に次ぐ第3位で、他線との乗り換えがない単独駅としては第1位である。2001年度までは減少傾向が続いていたが、その後は概ね横ばい傾向にある。

西5丁目樽川通、丘珠空港通など、5つの通りが集中する。駅付近は商業地で、大型店以外にも業務ビルと中小の商店が密集する。札沼線の新琴似駅は北西に約500メートル離れた場所にある。

• JR札沼線（学園都市線） 新琴似駅
• 国道231号
• 札幌市新琴似図書館
• 北区新琴似まちづくりセンター
• 北警察署麻生交番
• 札幌市麻生球場
• 札幌市下水道科学館
• 札幌北郵便局
• 札幌麻生郵便局
• 北海道労働金庫札幌麻生支店
• 北洋銀行麻生支店
• 北海道銀行麻生支店
• 北陸銀行麻生支店
• 札幌市農業協同組合（JAさっぽろ）新琴似支店
• ダイエー麻生店（麻生駅直結）
• 東光ストア麻生店
• ロイヤルホスト麻生店
• サイゼリヤダイエー札幌麻生店
• ニトリ麻生店
• 北大学力増進会札幌北本部、スポーツクラブZip麻生

バスの乗り場は、駅の南北端に2つあり、方向別で分けられている。